不论是SCR还是SNCR脱硝方式，都是向烟气中喷入氨水、液氨、尿素等产生氨气的物质，依靠NH3和烟气中的NOx反应，将其还原为氮气。
但是，使NH3完全反应掉是难的。残余的氨气成分会和烟气中的SO3和水蒸汽反应，会生成硫酸铵和硫酸氢氨，
硫铵〔(NH4)2SO4〕在预热器段烟气温度范围内（450℃以下）为固体粉末状，而且要在氨气残余成分高时（一般NH3达数十个ppm体积浓度时）才大量生成，生成的量微少，包容在灰中，对预热器几乎没有影响。
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在预热器进行改造后对锅炉的性能有如下影响：
1.烟气温度的影响
在机组运行脱销系统以后，SCR催化剂提高了SO2向SO3的转化率，因而预热器冷端腐蚀有所加剧。为保护预热器后面的设备（如静电除尘器、烟道等），适当提高锅炉排烟温度有利于保护这些设备，在烟气中，由于氨气含量低，烟气成分变化不大，在省煤器出口烟气温度变化不大时，预热器通过追加热端换热面，排烟温度一般不受影响。但如果冷段堵塞未及时清理，会使排烟温度有所上升，但不足以会危及锅炉安全运行。
在锅炉低负荷工况时，烟气温度降低，氨气逃逸率上升，导致硫酸氢铵沉积带向预热器热端漂移，可能会引起预热器热端堵塞。故我们一般只计算低负荷及恶劣工况金属温度场，如此工况满足其余工况必然满足。
2.压差阻力的影响
由于传热元件总高增加，预热器烟空气阻力通常增加150-200Pa ，但如果冷段堵灰，阻力上升较明显。通常在氨气浓度1ppm以下时，硫酸氢铵生成量少，故预热器堵塞现象不明显，如NH3逃逸增加到2 ppm，日本AKK的测试表明，预热器在运行6个月，阻力约增加30%，如NH3逃逸增加到3 ppm，预热器在运行6个月，阻力约增加 50%。这对风机的影响较大。
3.对预热器漏风的影响
SCR的使用通常使预热器烟气侧负压增加1Kpa 左右。如使用换热系数不高的传热元件作为冷端元件，为达到同常规预热器相近的排烟温度，需增加预热器换热元件总高，这一般会使预热器烟空气阻力略有上升。预热器烟空气压力差增加不可避免地造成预热器漏风率上升，通常对30万等级锅炉预热器，计算表明，漏风率增加量为0.5-0.8%；对60-70万等级锅炉预热器，漏风率增加量为0.4-0.6%，由于目前预热器均采用完善的双道密封系统，烟空气压差的影响较早期的单道密封预热器为小，预热器漏风率总体上来讲上升轻微。
4.烟气灰分的影响
烟气中灰分少时，硫酸氢铵在液相区以液滴形式存在，当燃料灰份/硫份比值小于7时，灰分只能吸附部分硫酸氢铵液滴，但灰粒的黏性大，和部分纯硫酸氢铵液滴一起吸附到换热元件表面上；当燃料灰份/硫份比值大于7时，烟气中灰尘在均匀弥散分布时，几乎可以吸附所有硫酸氢铵液滴，此时灰分的黏性也远比无硫酸氢铵液滴时为大。
一般在燃料成分满足灰份/硫份比值大于7时，预热器冷端传热元件入口设防温度可以适当降低，幅度通常是22℃（40F）。
脱硝装置(SCR或SNCR)布置在预热器前部烟道中时，如燃多灰燃料（如煤），称之为高尘布置。脱硝装置布置在除尘器以后烟道中或在不满足灰份/硫份比值大于7的烟道中（即使在预热器前部）都称为低尘布置。
灰分高并不总是意味着预热器的工况变得安全了。保证残余NH3在烟气中均匀分布也重要，对氨气喷入、反应和离开脱硝装置后的分布均匀性要进行良好控制，避免出现局部过高浓度区。为保证烟气成分均匀，烟道中采用导流设备是有必要的。
5.对预热器腐蚀的影响
目前SCR系统所用催化介质常见的是氧化钛和氧化钒，能使脱硝效率大大提高，但是，部分SO2也同时受其催化转变成SO3，国外纪录到的在SCR催化剂使用寿命内的平均数据是约增加了2-3%的转化率。对原先常规预热器设计时，对一些低硫煤（折算硫分在1.5%以下），冷端传热元件设计仅考虑采用普通耐腐蚀材料（通常是Corten钢），转化率增加后，将会缩短预热器冷段换热元件使用寿命。对130℃左右排烟温度的设计，常规预热器冷端腐蚀区仅在冷端100-200mm范围内，在增加了SO3转化率后，硫酸露点通常上升5-10℃，预热器冷端受硫酸腐蚀区将上升到250-450mm， 原先普通预热器设定的冷段300mm高度就显得不够了。因此，预热器转子的一些冷端构件和密封构件（在硫酸腐蚀区工作），必须使用如考登钢、NS1之类的材料，传热元件本身，应尽量使用搪瓷表面。
硫酸氢铵本身的腐蚀性较硫酸为弱。从国外的使用情况来看，腐蚀也表现为电化学反应，由于其较牢固的粘在元件表面，表现为点状腐蚀，分布在从预热器冷端向上600mm-900mm的范围内（随预热器工作温度情况而变化）。
